En Septembre 1939 lors de la déclaration de guerre Calais devint à nouveau la principale base anglaise de débarquement avec tous ses dépôts d'approvisionnements. Calais fut naturellement l'objectif premier des allemands qui, cette fois, tirant la leçon de la bataille de la Marne, ne recommencèrent pas leur erreur de 1914.
Dans le ciel Calaisien apparurent de nombreuses vagues d'avions allemands qui bombardèrent le Port et, le 21 sous un déluge de bombes le dernier bateau anglais emmenait les ressortissants. Durant les jours qui suivirent, l'étreinte ennemie autour de Calais se resserra progressivement.
Le Samedi 25 Mai 1940, vers 05H00 du matin, les premiers éléments de l'infanterie allemande entraient en Ville et vers 06H00, occupaient l'Hôtel de Ville. A partir de ce moment commença la bataille entre la section du Vieux Calais, où s'était retranchée la garnison alliée et celle de Calais Saint Pierre où l'armée allemande était campée.
Les bombardements aériens du Vieux Calais s'étaient intensifiés,. Calais-Nord n'était plus qu'un champ de ruines.

La planification de l'invasion du continent européen débute le 14 janvier 1943 lors d'une rencontre à Casablanca entre Roosevelt et Churchill, alors que Staline réclame avec insistance l'ouverture d'un second front en Europe pour soulager l'Armée rouge qui supporte l'essentiel du poids de la guerre en Europe. Le rayon opérationnel des avions de chasse et les contraintes logistiques réduisent les possibilités de débarquement à deux choix : le Pas-de-Calais et la Normandie.
Bien que le Pas-de-Calais offre les meilleures plages et un accès plus rapide vers l'Allemagne, il est considéré comme un choix trop évident risquant d'être trop bien défendu.

La Normandie est donc choisie.

Vint le débarquement allié le 06 Juin 1944 avec l'espoir d'une proche délivrance. Hélas il fallut attendre encore bien des mois au cours desquels la vie était intenable en raison de la violence accrue des bombardements alliés.
La capitulation des allemands le 30 Septembre à 17H30, l'occupation allemande était terminée et les Calaisiens réfugiés en campagne revinrent à Calais.
En raison de son attitude héroïque, Calais est titulaire de la Croix de Guerre 1914-1918 avec citation à l'Ordre de l'armée ainsi que de la Croix de la Légion d'Honneur et de la Croix de Guerre 1939-1945 avec Palmes.